يضمن مكتب التدقيق الداخلي سلامة وكفاءة عمليات الهيئة العامة للطيران المدني من خلال إعداد وتنفيذ خطط تدقيق قائمة على المخاطر، وإدارة تقييمات ومتابعة مخاطر الاحتيال، ودعم الالتزام بالأنظمة المالية والإدارية، والتنسيق مع جهات التدقيق الخارجية. ويقدم المكتب خدمات ضمان واستشارات مستقلة لتعزيز الحوكمة وإدارة المخاطر وأنظمة الرقابة الداخلية.