يتولى قطاع شؤون أمن الطيران دعم حكومة دولة الإمارات في حماية الركاب والعاملين والطائرات والمرافق من أفعال التدخل غير المشروع، من خلال تطبيق تقييمات المخاطر وتطوير السياسات والتشريعات الوطنية بالتنسيق مع الجهات المعنية. يضمن القطاع الامتثال لمعايير منظمة الطيران المدني الدولي (ICAO) الخاصة بأمن الطيران ونقل المواد الخطرة، ويشرف على برامج أمن الطيران، ويقوم بأنشطة رقابية مبنية على المخاطر، بالإضافة إلى تقديم الدعم الفني والإداري للجان الوطنية، وإدارة التهديدات الأمنية بفعالية وفقاً للبرنامج الوطني لأمن الطيران المدني.